益生菌是能够提高饲料转化率和控制环境污染的饲料添加剂，可以减少氨和腐败物质的过多生成，降低肠道内容物中氨、甲酚、吲哚、粪臭素等的含量，从而减少粪便的臭气。有益微生物在体内可产生各种消化酶，从而提高饲料转化率。

如芽孢杆菌具有很强的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶的活性，且还能降解植物性饲料中某些较复杂的碳水化合物。Scheuermann曾报道，用蜡样芽孢杆菌喂猪，发现氮沉积与对照组比较有显著差异，血氨减少l3．5％～20．1％，尿氨减少5．5％～17％，粪便排出量减少。有研究表明，益生菌能显著提高绵羊的沉积氮和降低尿氮的排出，提高沉积氮和可消化氮、沉积氮和摄入氮的比例，降低尿氮与摄入氮的比例。

另外。枯草芽孢杆菌在大肠中产生的氨基酸氧化酶及分解硫化物的酶可将吲哚类化合物完全氧化，将硫化氢氧化成无臭、无毒的物质。

日本研制的微生态制剂EM(有效生物菌群)可减少氨、胺、硫化氢等有害气体的产生，抑制大肠杆菌的活动，减少蛋白质向氨和胺转化。肠内粪便中还含有大量EM的活菌体，可以继续利用剩余的氨，因此氨浓度明显降低，从而减轻粪尿恶臭。有报道，用EM饲喂畜禽或处理粪便，能有效地消除粪便恶臭，抑制蚊蝇滋生，净化养殖场及其周边的环境。益生菌添加可以调节动物肠道微生物区系的平衡，促进有益菌的生长，有助于挥发性脂肪酸的利用，减少丙酸、丁酸的排放。